Žemaitijos istorijoje (red. R. Budrys, 1994 m.) rašoma, kad jau 1509 m. Veliuonoje galėjo veikti parapinė mokykla. Gaila, bet nėra jokių konkrečių istorinių šaltinių, patvirtinančių šį faktą, o štai 1579 m. Žemaičių kapitulos akte Veliuonos parapinė mokykla minima plačiai. Ši data dabar ir laikoma oficialia Veliuonos mokyklos įkūrimo data.
Apie tolesnę mokyklos veiklą iki Lietuvos nepriklausomybės atkūrimo žinių išliko mažai. Kaip teigia istorikas Kazys Misius, 1847–1848 m. Veliuonoje veikė parapinė mokykla, joje 1848 m. pavasarį mokėsi 15 mokinių. Istorikas Ričardas Čiapas teigia, kad 1860 m. Veliuonoje įkurta pradžios mokykla. Spaudos draudimo metais mokykla buvo uždaryta, todėl vaikų grupeles mokė daraktoriai.
Atkūrus nepriklausomybę Veliuonoje dvejų metų pradinėje mokykloje 1919 m. mokėsi 70 mokinių, 1920 m. – 115. Mokyklos vedėju nuo 1919 m. spalio iki 1920 m. balandžio 15 d. dirbo Juozas Batūra, jį pakeitė Jurgis Gylis. 1920 m. Veliuonos mokykla įsikūrė dvaro rūmuose. Ten jai buvo skirti trys kambariai. Mokykloje buvo 11 senų suolų, stalas, spinta, rašomoji lenta. Mokyklai buvo leidžiama naudotis 1/3 daržo. Lėšų jos išlaikymui skirdavo tik švietimo ministerija. Darbo sąlygos buvo sunkios, valsčius mokyklos nerėmė, dėl kuro stokos kelis kartus buvo stabdomas mokyklos darbas. Tačiau mokinių skaičius palaipsniui augo. 1921 m. mokyklą baigė 5 berniukai ir 7 mergaitės. Nuo 1921 m. pradžios mokykloje jau veikė keturių klasių skyrius. 1920–1922 m. mokykloje mokėsi būsimasis rašytojas Petras Cvirka. 1925 m. keturių skyrių mokykloje jau dirba trys mokytojai: mokyklos vedėja Ona Vilpišauskienė, Juozas Vilpišauskas, Zosė Zelenkevičienė. 1927 m. Veliuonoje veikė vieno komplekto su trimis skyriais žydų pradinė mokykla. Joje mokėsi 44 mokiniai, mokytojavo Reveka Jenkelevičienė. Mokykla buvo įsikūrusi žemutinėje miestelio dalyje (dabartinėje Pilies gatvėje). 1928 m. Veliuonos mokykla perkelta į medinį pastatą (dabartinėje P. Cvirkos g. 1). Mokyklos vedėja Ona Vilpišauskienė, mokytoja Melyda Gocgauzaitė. 1929 m. Veliuonos mokykloje buvo kuriamas gamtos muziejus, renkama istorinių radinių kolekcija. Šeštadieniais po pamokų vykdavo pasilinksminimai, vaidinimai, deklamacija, šokiai. Veliuonos pradžios mokykla 1929 m. buvo keturių komplektų, vienas komplektas buvo skirtas žydų vaikams. Mokyklai buvo skirti 3 ha žemės, kur mokiniai mokėsi ūkininkauti, atliko bandymus. 1931 m. Veliuonos mokykla buvo praplėsta į šešerių metų mokyklą (ji tapo vienintele tokia Kauno apskrityje). Mokykla buvo įsikūrusi trijose patalpose, iš kurių vieną skyrė valsčiaus savivaldybė savo name, dvi buvo nuomojamos: dvare ir bažnyčios špitolėje. Nuo 1931 m. rudens mokykloje veikė žemės ūkio klasė, kuri turėjo 12 klausytojų. 1933–1934 m. Veliuonos mokyklos vedėju dirbo Pranas Pupa, mokytojas Jurgis Pavalkis, kuris mokė vaikus piešimo, dainavimo, suorganizavo mokinių chorą. 1935–1936 m. m. du komplektai klasių mokėsi savivaldybės pastate ir du – parapijos patalpose, nepritaikytose mokyklai. 1936–1937 m. mokosi 295 mokiniai, 1937–1938 m. – 246 mokiniai. 1937–1938 m. Veliuonoje pastatyta nauja mokykla (už bažnyčios, prie Ramybės piliakalnio). Mokykla buvo šešių komplektų, tad dviems komplektams patalpos buvo nuomojamos. 1938–1939 m. mokyklos mokinių sąraše buvo 274 mokiniai.
1940–1941 m. sovietinės okupacijos metais dalis mokytojų buvo suimti ar turėjo pasitraukti dėl persekiojimų. 1941–1944 m. Veliuonoje šešių skyrių pradžios mokykloje dirbo Morta Suvaizdienė, Petras Staniulis, Gasparas Velička, Jonas Gintautas. 1942 m. mokėsi 162 mokiniai.
Norėtųsi kiek plačiau papasakoti apie 1943 m. įvykius. Nedaug rasime Lietuvoje vietovių, kur nacių okupacijos metais būtų įsteigta vidurinė mokykla (progimnazija). Kad tokia įstaiga 1943 m. rudenį būtų atidaryta Veliuonos miestelyje, aktyviai prisidėjo patys veliuoniškiai. Pradžioje formaliai įsteigtas „Progimnazijos steigimo komitetas“ artėjant rugsėjo 1-ajai virto ypač aktyvia ir įtakinga visuomenės ir vietos įstaigų atstovų organizacija. Jo iniciatoriai užnemuniškis P. Janulevičius ir veliuoniškiai B. Cvirka ir L. Batūraitė-Matusevičienė į komiteto veiklą įtraukė du Veliuonos kunigus S. Irtmoną ir J. Girdzevičių, valsčiaus savivaldybės sekretorių J. Veverskį, Veliuonos pradžios mokyklos vedėją A. Kebliūną. Visų šių žmonių pastangos veltui nenuėjo ir rugsėjo 25 d. Veliuoną pasiekė oficialus raštiškas Vidurinio ir pedagoginio mokslo departamento leidimas įsteigti Veliuonos vidurinę mokyklą su viena I ir viena II klasėmis. Realiai mokykloje 1943–1944 m. visgi veikė trys klasės. Trečioji klasė buvo išlaikoma veliuoniškių privačiomis lėšomis ir slepiama nuo nacių pareigūnų, todėl jiems skirtose ataskaitose minima nebuvo.
Veliuonos mokykloje direktoriumi 1943–1945 m. dirbo Antanas Kebliūnas, 1945–1946 m. – Jadvyga Beniulytė, 1946–1948 m. Titas Dėjus, 1948–1950 m. Jadvyga Berlinskienė. Per tą laiką mokykla „užaugo“ ir 1949 m. buvo išleista pirmoji gimnazistų laida. 1950 m. mokykla reformuota į vidurinę mokyklą. Direktoriumi 1950–1952 m. dirbo Vladas Pranevičius.
Ilgiausiai mokyklos direktoriumi išdirbo Jonas Martinaitis (33 metus) 1952–1970, 1975–1991 m., direktoriaus pavaduotoju ugdymui apie 33 metus išdirbo Justinas Palukaitis. 1970–1975 m. direktoriumi buvo paskirta Izabelė Palaitienė. 1977 m. buvo pastatyta erdvi, nauja keturaukštė mokykla (direktorius Jonas Martinaitis). Mokytojas St. Liutvinavičius įkūrė Literatūros muziejų, biologijos mokytoja Marija Martinaitienė – Gamtos muziejų (šiuo metu jis jau neveikia). 1991–2006 m. mokyklos direktoriumi dirbo Algerdas Bučelis. 1990 m. Lietuvių literatūros ir tautosakos instituto mokslinio bendradarbio Antano Mockaus pastangomis į Veliuoną buvo atvežti iš Kazanės ir perlaidoti Antano ir Jono Juškų palaikai. 1992 m. Veliuonos vidurinei mokyklai suteiktas Antano ir Jono Juškų vardas. Sukurta mokyklos simbolika: herbas, vėliava, himnas. 1994 m. mokykla pasirašė bendradarbiavimo sutartį su Lietuvių literatūros ir tautosakos institutu, kuri 2008 m. atnaujinta.
Nuo 2006 metų mokyklai vadovauja direktorė Vida Greičiūtė. Mokykla dalyvauja įvairiuose projektuose, toliau puoselėjamos etnokultūrinės, tautinės tradicijos. Atnaujinti mokomieji kabinetai. Jie aprūpinti naujausiomis moderniomis informacinėmis technologijomis bei mokymo priemonėmis. 2010 - 2014 m. buvo įgyvendinama vidurinio ugdymo programa su profesinio mokymo moduliais.
2012 m. kovo 19-23 d. mokykloje vyko vidurinio ugdymo programos akreditacija.
2012 m. gegužės 10 dieną Švietimo ir mokslo ministerijoje vykusiame Vidurinio ugdymo programos akreditacijos komisijos posėdyje buvo akredituota mūsų mokyklos Vidurinio ugdymo programa ir suteiktas gimnazijos statusas.
Nuo 2012 m. liepos 1 d. mokykla oficialiai vadinama Jurbarko rajono Veliuonos Antano ir Jono Juškų gimnazija.
